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第一章 化学信息学网络资源 1

第一节 化学信息学数据库 1

第二节 电子图书阅读工具——Adobe Acrobat 9

第三节 蛋白质结构数据库 16

第四节 文献数据库——Web of Science 20

参考文献 29

第二章 分子结构绘制及显示 30

第一节 小分子结构绘制及创建——ChemDraw 30

第二节 小分子结构显示——Chem3D 36

第三节 生物大分子结构显示——VMD 44

第四节 生物大分子结构显示——Spdbv 53

参考文献 65

第三章 Linux基础 66

第一节 Linux简介 66

第二节 文件操作命令 68

第三节 目录操作及联机帮助命令 71

第四节 进程及其管理 74

第五节 文本编辑 78

参考文献 80

第四章 分子模拟 81

第一节 分子对接——AutoDock 81

第二节 分子动力学模拟——AMBER 92

第三节 量子化学计算——Gaussian 103

参考文献 114

第五章 数据传输 115

第一节 常规下载——FlashGet 115

第二节 数据上传——CuteFTP 122

第三节 远程连接——Xmanager 126

参考文献 133

第六章 数据分析与绘图 134

第一节 数据分析——Excel 134

第二节 数据绘图——Origin 146

第三节 统计软件——SPSS 161

参考文献 171

第七章 图像处理 172

第一节 简单绘图——画图附件 172

第二节 图像编辑——Photoshop 179

第三节 图像绘制——CorelDraw 191

参考文献 203

第八章 计算机应用基础 204

第一节 文本编辑——Word 204

第二节 文本列操作——UltraEdit 214

第三节 流程图绘制——Visio 219

第四节 演示文稿制作——PowerPoint 228

参考文献 236

第九章 Perl语言初步 237

第一节 Perl安装及启动 237

第二节 Perl的基本语法 238

第三节 Perl的使用实例 248

参考文献 259

第十章 HIV-1整合酶与L708,906抑制剂结合模式及运动性的研究 260

第一节 计算方法 261

第二节 结果与讨论 262

第三节 与《计算机化学实践基础教程》的关联 268

参考文献 269