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第1章 放线菌系统分类学概论 1

1.1放线菌分类学的发展 1

1.2放线菌的多相分类 10

1.3如何使用现代技术对放线菌分类 19

1.4放线菌新种的命名 22

参考文献 33

第2章 放线菌的形态特征与现代分类基本技术 39

2.1放线菌显微观察技术 39

2.2放线菌菌种纯化技术 52

2.3放线菌的培养技术 54

2.4放线菌细胞大小的测定技术 55

2.5放线菌的基本形态 58

2.6放线菌的培养特征 62

2.7放线菌性别判定技术 65

2.8放线菌的分离技术 66

参考文献 68

第3章 放线菌生理生化特性分类技术 70

3.1生理生化分类技术 70

3.2 API细菌鉴定系统 82

3.3 Biolog全自动微生物鉴定系统 89

参考文献 90

第4章 化学分类技术 91

4.1细胞壁化学类型 91

4.2全细胞水解糖分类技术 93

4.3枝菌酸分类技术 97

4.4醌组分分类技术 102

4.5磷酸类脂分类技术 104

4.6脂肪酸组分分类技术 108

4.7肽聚糖型分类技术 112

参考文献 115

第5章 基因型分类技术 117

5.1放线菌基因组DNA提取 117

5.2 PCR反应与产物纯化技术 118

5.3基因克隆 121

5.4凝胶电泳技术 123

5.5现代测序技术 126

5.6 16S rRNA基因序列分析 130

5.7 DNA（G＋C）含量测定技术 130

5.8 DNA杂交技术 137

5.9引物设计与菌株的快速鉴别 141

5.10多位点序列分析技术 152

参考文献 157

第6章 生物软件在放线菌分类中的应用技术 160

6.1序列拼接技术 160

6.2 Clustal X多序列比对技术 175

6.3系统进化树构建技术 182

6.4 Sequin软件提交序列技术 221

参考文献 227

第7章 放线菌基因组分类技术 228

7.1放线菌基因组的特点 228

7.2基因组时代放线菌系统分类研究的现状 230

7.3新型的用于系统发育分析的基因组特征序列 232

7.4 Signature Indels和Signature Proteins在放线菌系统发育研究中的应用 233

7.5放线菌基因组分类学的展望 238

参考文献 239

第8章 网络在线分类技术 242

8.1 NCBI及BLAST的使用 242

8.2 RDP数据库使用介绍 247

8.3 EzBioCloud数据库使用介绍 251

8.4 LPSN网站介绍 257

8.5 WDCM网站介绍 260

8.6 Banklt在线提交核酸序列 261

参考文献 266