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第1章 生物信息学概述 1

1.1 生物信息学的发展史 1

1.2 生物信息学主要研究内容 3

1.3 展望 11

第2章 生物信息学的生物学基础 17

2.1 生物的分类 17

2.2 模式生物 18

2.3 生物大分子及其结构 20

2.4 分子生物学的中心法则 28

2.5 基因组及基因组结构 33

第3章 数据库的基本知识与生物信息数据库的模拟构建 41

3.1 数据库系统概述 41

3.2 数据管理技术的发展 43

3.3 信息描述与数据模型 48

3.4 概念数据模型 50

3.5 常见的逻辑数据模型 53

3.6 数据库系统结构 59

3.7 数据库管理系统 61

3.8 生物信息数据库的模拟构建 62

第4章 生物信息数据库与网络基础 77

4.1 生物信息数据库概述 77

4.2 核酸数据库 77

4.3 蛋白质数据库 85

4.4 生物大分子结构数据库 89

4.5 其他数据库 90

4.6 数据库搜索 97

4.7 数据库集成 100

第5章 序列比对 105

5.1 序列的相似性 105

5.2 序列比对的模型和依据 107

5.3 两两比对 114

5.4 多重比对 120

5.5 DNA片段组装 128

第6章 分子进化与系统发育分析 133

6.1 引言 133

6.2 分子进化 134

6.3 分子系统发育分析 137

第7章 基因预测与引物设计 155

7.1 基因特征 155

7.2 基因预测 160

7.3 引物设计 167

第8章 蛋白质结构与预测 179

8.1 蛋白质的结构及其实验测定方法 179

8.2 蛋白质分类 182

8.3 蛋白质结构预测算法 186

8.4 蛋白质结构预测软件 201

第9章 蛋白质组信息学 224

9.1 蛋白质组学 224

9.2 蛋白质组信息学 228

9.3 蛋白质组分析的内容与基本方法 232

9.4 蛋白质组信息学相关资源 237

9.5 蛋白质组学的应用与前景 238

第10章 RNA结构与预测 242

10.1 RNA的种类及结构 242

10.2 RNA的功能 246

10.3 RNA的结构预测 247

10.4 RNA二级结构预测应用——非编码RNA的预测 269

第11章 生物芯片 274

11.1 生物芯片概述 274

11.2 基因芯片 276

11.3 基因芯片数据分析 284

11.4 蛋白质芯片 296

11.5 细胞芯片 300

11.6 组织芯片 303

第12章 生物信息学在计算机辅助药物设计中的应用 307

12.1 生物信息学用于新的药物靶标的发现和确认 308

12.2 生物信息学在药物筛选中的应用 309

12.3 定量构效关系 312