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第1章 生物信息学引论 1

1.1 引言 1

1.2　生物信息学的产生与发展 4

1.3　生物信息学的基本方法与前沿技术 10

1.4　人类基因组计划和基因组信息学 11

1.5　生物信息学的主要研究内容 18

1.6　生物信息学的应用 24

1.7　生物信息学教育与学习 29

问题与练习 32

第2章　生物学基础 . 33

2.1 细胞 33

2.2　蛋白质的结构和功能 40

2.3 遗传信息的载体——DNA 45

2.4　分子生物学中心法则 49

2.5　基因组 59

2.6　基因表达调控 64

2.7　新生肽链的折叠 68

2.8　基因工程初步 71

问题与练习 73

第3章 生物信息学资源与数据挖掘工具 74

3.1 引言 74

3.2　生物信息学资源 79

3.3　整合生物信息学 121

3.4　分子数据挖掘工具 123

问题与练习 133

第4章　序列分析 134

4.1　核酸序列分析 134

4.2　表达序列标签分析 142

4.3　电子克隆cDNA全长序列 146

4.4　蛋白质序列分析 150

问题与练习 159

第5章　序列比对 160

5.1　序列的相似性 161

5.2　双序列对位排列 169

5.3　序列多重比对 176

问题与练习 189

第6章 分子系统发生分析 190

6.1　分子系统发生与系统发生树 190

6.2　分子进化模型与序列分歧度计算 196

6.3　分子系统树的构建 200

6.4　系统发生树的可靠性 213

6.5　分子系统发育分析软件及应用 215

问题与练习 221

第7章　基因组信息学分析 223

7.1 引言 223

7.2　基因组结构特点 225

7.3　基因组序列分析 230

7.4　基因识别方法 233

7.5　非编码区分析和调控元件识别 249

7.6　功能基因组学 255

问题与练习 259

第8章　生物芯片 261

8.1　生物芯片简介 261

8.2　生物芯片的种类 262

8.3　基因芯片的基本原理和基本流程 263

8.4　生物芯片的应用 268

8.5　数据处理和分析 271

问题与练习 277

第9章 后基因组时代的生物信息学 278

9.1　引言 278

9.2　后基因组生物信息学基本概念 279

9.3　分子相互作用的网络分析 283

9.4 几种生化网络 290

9.5　蛋白质-蛋白质相互作用研究进展 293

问题与练习 300

参考文献 302