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第1章 布尔网络简介 1

1.1 系统生物学 1

1.1.1 系统生物学发展综述 1

1.1.2 系统生物学的概念 2

1.2 基因调控网络 3

1.2.1 基因调控的概念 3

1.2.2 基因调控网络的特性 4

1.2.3 基因调控网络的数学模型 5

1.3 布尔网络研究综述 9

1.3.1 布尔网络的状态描述 9

1.3.2 基于半张量积的布尔网络研究 10

1.4 本书符号说明 11

参考文献 13

第2章 半张量积与布尔网络状态分析 22

2.1 半张量积的概念 22

2.2 半张量积的计算方法 23

2.3 逻辑运算的矩阵表达 25

2.4 布尔网络的状态描述 26

2.4.1 L矩阵的求解 27

2.4.2 求解布尔网络的吸引子 30

2.4.3 布尔网络状态空间描述 31

2.5 实验仿真 33

参考文献 35

第3章 布尔网络的吸引子调控问题 38

3.1 吸引子调控的应用背景 38

3.2 单点调控问题 39

3.2.1 有效输入的判别 39

3.2.2 吸引子调控 40

3.2.3 实验仿真 42

3.3 多点调控问题 48

3.4 布尔网络吸引子鲁棒性的评测 50

3.4.1 研究背景 50

3.4.2 模型与方法 51

3.4.3 实验仿真 53

参考文献 55

第4章 具有扰动的布尔网络状态研究 59

4.1 具有脉冲扰动的布尔网络的应用背景 59

4.2 脉冲扰动的布尔网络的状态描述 60

4.2.1 确定输入下状态分析 60

4.2.2 未知扰动序列的状态分析 61

4.2.3 实验仿真 64

4.3 周期脉冲扰动的布尔网络的状态分析 65

4.3.1 无效输入的判别 66

4.3.2 周期输入的状态空间描述 67

4.3.3 实验仿真 69

参考文献 76

第5章 布尔网络模型在序列密码研究中的应用 79

5.1 密码学基础 79

5.2 序列密码概述 80

5.2.1 序列密码的设计 81

5.2.2 序列密码的器件 83

5.3 NFSR简介 84

5.4 基于布尔网络模型的NFSR周期研究 86

5.4.1 NFSR状态空间分析 87

5.4.2 周期输入下状态空间的描述 88

5.4.3 级联NFSR的周期研究 91

5.4.4 NFSR评测矩阵 95

5.5 实验仿真 98

5.5.1 Grain型算法的周期分析 98

5.5.2 NFSR串联的周期分析 102

参考文献 105

后记 111