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目录 3

第一部分 序列突变与比对的结构模型 3

第一章 序列突变与比对问题 3

§1.1 序列突变与比对问题概述 3

§1.2 序列的突变与比对问题的基本模型 10

§1.3 序列的比对的动态规划算法要点 16

§1.4 多重序列比对问题简介 20

§2.1 生物序列的随机性 22

第二章 生物序列与序列突变的随机模型 22

§2.2 突变发生随机流 26

§2.3 由Ⅰ型突变所产生的随机序列 31

§2.4 由Ⅱ型突变所产生的随机序列 37

§2.5 由Ⅲ、Ⅳ型突变所产生的随机序列 44

第三章 序列重组的数据结构分析 49

§3.1 序列重组问题概论 49

§3.2 二重序列的扩张与压缩 60

§3.3 多重序列的包络与核 67

§4.1 序列比对的模结构 78

第四章 序列突变与比对的模结构理论 78

§4.2 序列的突变的结构分析 86

§4.3 序列突变的运算问题 96

§4.4 二重序列比对的误差分析 108

第二部分 序列的比对算法与结构分析 121

第五章 二重序列比对的统计判决算法 121

§5.1 SPA算法的目标与原理 121

§5.2 SPA算法的基本步骤与改进 126

§5.3 SPA算法的若干指标分析 133

§5.4 序列比对算法的应用与实例分析 146

第六章 多重序列的两两比对问题 153

§6.1 多重序列比对与多重序列的两两比对问题 153

§6.2 由多重序列的两两比对所产生的拓扑度量空间 154

§6.3 序列进化的拓扑距离图 159

§6.4 序列结构的聚类分析 166

第七章 多重序列的突变与比对问题 172

§7.1 多重序列的突变与比对的优化准则 172

§7.2 多重序列快速比对的一个实现方案 186

§7.3 多重序列的突变类型分析 196

§7.4 多重序列的突变类型分析（续） 204

§7.5 多重序列比对结果的实例分析 208

第八章 蛋白质序列结构分析概论 219

§8.1 蛋白质序列结构分析问题 219

§8.2 蛋白质序列比对与结构分析要点 221

附录A 概率与统计的基本知识 231

§A.1 随机事件与随机变量 231

第三部分 附录 231

§A.2 几种重要的随机变量和它们的概率分布 242

§A.3 随机变量的极限定理 252

§A.4 统计分析简介 256

附录B 随机过程理论简介 263

§B.1 随机过程的一般理论 263

§B.2 独立随机序列 270

§B.3 泊松过程与可加过程 277

§B.4 Markov过程 281

§B.5 更新过程与更新理论 287

§B.6 复合更新过程与排队过程 296

附录C 图论的有关知识 304

§C.1 图的一般定义与性质 304

§C.2 无向图的结构与性质 313

§C.3 有向图的结构与性质 323

§C.4 拓扑距离图 334

附录D 二重与多重序列比对的两个实例数据 337

§D.1 两个RNA序列的比对问题 337

§D.2 一组RNA序列的多重比对问题 339

附录E 有关记号及说明 341

§E.1 有关集合、元素、向量与序列的记号 341

§E.2 有关随机变量的有关记号 342

§E.3 重要随机过程记号 346

§E.4 随机突变模型 347

§E.5 序列扩张、比对与突变的模结构记号 347

§E.6 有关图论的记号 349

参考文献 351