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第一部分：引言 3

1 微生物基因组学的历史&Hamilton O.Smith 3

第二部分：作为基因组学工具的生物信息学 3

2 寻找基因和全基因组比较的工具&Steven L.Salzberg and Arthur L.Delcher 19

3 TIGR的细菌基因组注释&Owen White 31

4 生物信息学与微生物致病作用&Fiona S.L.Brinkman and Joanna L.Fueyo 43

5 噬菌体生物信息学&Derrick E.Fouts 62

第三部分：核心功能 62

6 微生物代谢比较&Karen E.Nelson 83

7 膜转运蛋白的基因组学分析&Ian T.Paulsen，Katherine H.Kang，Mark E.Hance，and Qinghu Ren 97

8 用基因组学分析细菌细胞周期&Michael T.Laub，Harley H.McAdams and Lucy Shapiro 110

第四部分：微生物基因组的进化 110

9 原核生物的进化及分类简史&Lorraine Olendzenski，Olga Zhaxybayeva and J.Peter Gogarten 125

10 细菌基因组如何变化&Timothy D.Read and Garry S.A.Myers 137

11 基因组学时代的细菌生物多样性概念&Frederick M.Cohan 153

12 病原菌和共生菌与寄主的协同进化&Robert A.Feldman 170

第五部分：微生物基因组的调查 170

13 植物病原菌基因组调查&C.Robin Buell 185

14 不产氧光合细菌&F.Robert Tabita and Thomas E.Hanson 194

15 嗜热微生物基因组&Frank T.Robb 212

16 病原肠细菌基因组&Julian Parkhill and Nicholas R.Thomson 231

17 专性细胞内病原体&Siv G.E.Andersson 251

18 低G＋C含量革兰氏阳性细菌基因组&Steven R.Gill 266

19 放线菌（G＋，高G＋C含量）基因组学&Stephen D.Bentley，Roland Brosch，Stephen V.Gordon，David A.Hopwood，and Stewart T.Cole 289

20 寄生虫基因组学&Malcolm J.Gardner 312

21 极端嗜盐古生菌基因组分析&Shiladitya DasSarma 331

第六部分：基因组数据库的应用 331

22 微阵列表达分析和细菌基因组&Carsten Rosenow and Brian Tjaden 349

23 微生物种群基因组学与生态学&Edward F.DeLong 362

24 基因组学在生物催化和生物降解中的应用&Lawrence P.Wackett 382

25 酶的发现与微生物基因组学&Robert M Kelly and Keith R Shockley 397

26 基因组学在药物发现过程中的整合&Jacques Ravel 417

27 基因组法开发疫苗&Rino Rappuoli，Vega Masignani，Mariagrazia Pizza，Guido Grandi and John L.Telford 434

28 微生物蛋白质组学&Svend Birkelund，Brian B.Vandahl，Allan C.Shaw and Gunna Christiansen 443

索引 457