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第一章 语义技术导论 1

第一节 语义技术概述 1

第二节 语义万维网 2

第三节 元数据与本体 5

第四节 Web 3.0 7

第五节 关联开放数据 8

参考文献 11

第二章 生物医学语义技术概述 13

第一节 生物医学与语义技术 13

第二节 医学概念的标准化 24

第三节 生物医学元数据与本体 36

第四节 医学语义技术应用案例 54

参考文献 64

第三章 元数据语言 69

第一节 元数据 69

第二节 元数据语言概貌 77

第三节RDF 86

第四节RDFS 117

第五节SPARQL语言及其实例 129

参考文献 144

第四章 本体与逻辑 145

第一节 本体的主要特征 145

第二节 逻辑与推理 150

第三节 描述逻辑基础 152

第四节 描述逻辑与知识表示 162

参考文献 164

第五章 网络本体语言OWL 165

第一节OWL概述 165

第二节OWL DL 171

第三节OWL Lite 178

第四节OWL Full 185

第五节OWL 2 187

第六节OWL本体构建 199

参考文献 205

第六章 生物医学元数据与本体 207

第一节 一体化医学语言系统 207

第二节MeSH 216

第三节RxNorm 223

第四节SNOMED 228

第五节 基因本体 235

第六节UniProt 244

第七节MEDLINE 249

参考文献 257

第七章 关联生命数据集 261

第一节 关联生命数据集概况 261

第二节 关联生命数据集的组成 261

第三节 关联生命数据集的使用 265

第四节 分析的结论 279

参考文献 279

第八章 生物医学语义检索技术 281

第一节 语义检索概述 281

第二节 语义检索的技术方法 288

第三节 医学检索的问题特征 303

第四节 医学语义检索的基本技术 304

第五节PubMed的语义检索 311

参考文献 315

第九章 基于语义的医疗信息技术 317

第一节 医疗信息系统概论 317

第二节 语义技术与医疗信息系统 321

第三节 语义支撑的临床路径 325

参考文献 341

第十章 语义技术与生命科学研究 344

第一节 生命科学中的语义技术应用概述 344

第二节 语义技术用于基因分析 346

第三节 语义数据处理平台与GWAS研究 349

第四节 结论 364

参考文献 364

第十一章 中医本体学探索 366

第一节 中医本体学研究策略思考 366

第二节 中医顶层本体研究 367

第三节 建立证候本体的探索 374

第四节 肺痨病阴虚证的本体 379

第五节 治则治法本体 384

第六节 方剂本体的探索 389

第七节 中医古代文献的概念和术语的语义学整理 394

第八节 中医维度的六阈值分析法 395

参考文献 397

第十二章 医学语义技术深层应用与展望 399

第一节 语义技术与转化医学 399

第二节 语义技术与辅助诊疗系统 402

第三节 基于语义技术的电子病历 407

第四节 基于语义技术的电子健康档案 414

第五节 基于语义技术的临床数据交换 419

参考文献 424