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绪言 1

一、复杂疾病关联研究概述 1

二、GWA研究设计相关问题 1

三、GWA的遗传标记 3

四、基因组拷贝数变异 5

第一章 复杂疾病遗传资源收集 9

一、概述 9

二、遗传资源收集 10

第二章 生物信息数据库的查询 13

第三章 应用Oligo软件进行PCR引物设计 21

一、引物设计的原则 21

二、常用的参数 21

三、引物设计的具体原则 21

四、应用Oligo 6.0进行引物设计的步骤 22

第四章 SNP检测方法概述 25

一、聚合酶链式反应－限制性片段长度多态性（PCR-RFLP） 26

二、聚合酶链式反应－单链DNA构象多态性分析法（PCR-SSCP） 28

三、Taqman法 29

四、变性高压液相色谱法（DHPLC） 30

五、测序 30

六、DNA芯片法 32

第五章 聚合酶链式反应（PCR）技术总结 33

一、PCR技术的基本原理 33

二、PCR反应体系与反应条件 33

三、PCR反应特点 35

四、PCR扩增产物的分析 36

五、PCR反应过程中污染的控制及可能出现的问题 36

第六章 调查资料的入机 38

一、利用Visual FoxPro 6.0录入数据 38

二、利用Excel录入数据 39

三、利用Access窗体功能录入数据 40

第七章 复杂疾病关联研究中的若干问题 41

一、关联研究中的混杂 41

二、候选基因的确定 42

三、中间表型的应用 42

四、SNP的选择 43

五、单体型分析 44

六、关联研究结果的判定 44

第八章 传统关联研究遗传统计分析 47

一、Hardy-Weinberg平衡及检验 47

二、位点间连锁不平衡强度分析 49

三、单体型分析 49

第九章 单体型分析：复杂疾病基因定位的新希望 50

一、EM算法 50

二、Clark's算法 51

三、Phase 51

四、混合DNA样本（DNA Pool）的单体型分析 52

第十章 连锁分析的方法学概述 55

一、连锁分析的基本原理 55

二、家系收集 60

三、实验室技术 60

第十一章 全基因组关联研究遗传统计分析 65

一、GWA研究统计分析原理 65

二、GWA研究多重假设检验调整 67

三、人群混杂 68

四、GWA研究的重复 70

第十二章 SNP检测技术进展与全基因组关联研究 74