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第一章 绪论 1

1 蛋白质组学的概念及其发展史 1

2 蛋白质组学与基因组学的关系 5

3 蛋白质组学与系统生物学的关系 11

4 蛋白质组学的分类、流程和优缺点 13

5 蛋白质组学研究的策略与技术 22

6 蛋白质组研究的现状和前景 29

7 蛋白质组学的应用 32

第二章 双向凝胶电泳 36

1 双向凝胶电泳的基本概念 36

2 双向凝胶电泳的流程与应用 41

3 蛋白质样品的制备 45

4 2-DE胶的染色方法 47

5 蛋白质的鉴定分析 51

6 改进型2-DE技术 57

7 非凝胶分离技术 64

8 毛细管电泳技术 70

9 展望 75

第三章 质谱 77

1 什么是质谱技术 77

2 生物质谱核心——离子化技术简介 81

3 质谱仪的应用 87

4 质谱仪的分类介绍 96

第四章 双杂交体系 108

1 前言 108

2 酵母双杂交基本原理 109

3 酵母双杂交基本类型 113

4 酵母双杂交技术的改进和发展 116

5 分裂泛素化酵母双杂交系统 120

6 高通量酵母双杂交系统 133

7 酵母双杂交系统的应用 137

第五章 蛋白质芯片 143

1 什么是蛋白质芯片 143

2 俘获分子 146

3 蛋白质芯片的制备和检测 152

4 蛋白质芯片的类别 155

5 抗体芯片 159

6 蛋白质芯片——SELDI质谱技术 161

7 无细胞体外翻译蛋白质芯片技术 163

8 蛋白质芯片的应用 167

第六章 蛋白质功能研究方法学 175

1 Western blot 176

2 蛋白质pulldown技术 181

3 蛋白质免疫共沉淀技术 184

4 蛋白质免疫组化技术 192

5 荧光共振能量转移 195

6 BIAcore仪的原理和应用 206

7 RNA干扰 211

8 检测蛋白质与核酸相互作用的方法学 225

9 低丰度蛋白质的富集技术 230

10 磷酸化蛋白质与肽的富集技术 237

11 其他方法学 246

第七章 标签融合蛋白的表达与纯化 250

1 蛋白质纯化的原理与方法 250

2 标签融合蛋白亲和层析概述 254

3 蛋白质表达系统简介 259

4 用IMAC技术纯化带有（His）6标签的蛋白质 265

5 巯基亲和层析法 277

6 GST亲和层析法 279

7 Strep-tag/Strep-Tactin过表达系统 281

8 内含肽介导的自切割亲和纯化系统 284

9 双标签亲和纯化系统 288

10 其他融合标签系统 290

第八章 修饰蛋白质组学 293

1 什么是PTM 293

2 PTM的分类及其作用 297

3 PTM研究的方法学 306

4 磷酸化蛋白质组学研究 309

5 糖基化蛋白质组学研究 313

6 其他修饰的蛋白质组学 326

第九章 代谢组学 332

1 代谢组学简介 332

2 代谢组学主要研究方法及分析技术 339

3 代谢组学与疾病诊断 350

4 代谢组学在中药现代化中的研究作用 356

5 植物代谢组学介绍 361

第十章 结构蛋白质组学 369

1 引言 369

2 高通量技术 370

3 结构预测 375

4 膜蛋白结构预测进展 378

5 展望 382

第十一章 蛋白质组学在病原微生物研究中的应用 384

1 同一病原微生物不同生理状态的蛋白质组学研究 385

2 同一病原微生物的不同菌株之间的比较蛋白质组学 388

3 病原微生物的亚蛋白质组学 389

4 研究宿主与微生物的相互关系，寻找新型疫苗的靶分子 391

5 致病性链球菌表面蛋白质组及相关疫苗的研究进展 395

参考文献 405