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第1章 绪论 1

1.1 产生背景和意义 1

1.2 知识基础 4

1.3 发展简史和现状 12

1.4 数据库及技术工具 17

1.5 技术难点与发展趋势 33

1.6 本章小结 36

思考题 36

第2章 数据处理方法基础 37

2.1 引言 37

2.2 概率论基础 37

2.3 数据预处理 49

2.4 数据分类分析 52

2.5 数据聚类分析 76

2.6 关联规则发现 79

2.7 隐马尔科夫模型 82

2.8 数据处理效果评价 89

2.9 高维数据处理 101

2.10 本章小结 112

思考题 112

第3章 序列比对方法 113

3.1 引言 113

3.2 序列比对知识基础 113

3.3 主要技术方法及分析 119

3.4 双序列比对 120

3.5 多序列比对 123

3.6 应用实例分析 131

3.7 本章小结 142

思考题 142

第4章 系统发生树构建方法 143

4.1 引言 143

4.2 系统发生树知识基础 143

4.3 主要技术方法及分析 146

4.4 基于距离的构建方法 147

4.5 基于离散特征的构建方法 151

4.6 Quartet方法 153

4.7 应用实例分析 156

4.8 本章小结 164

思考题 164

第5章 基因芯片数据处理方法 165

5.1 引言 165

5.2 基因芯片知识基础 165

5.3 主要技术方法及分析 175

5.4 基因芯片数据预处理 176

5.5 基因芯片数据聚类分析 180

5.6 基因芯片数据分类分析 183

5.7 应用实例分析 186

5.8 本章小结 201

思考题 201

第6章 RNA结构预测方法 203

6.1 引言 203

6.2 RNA知识基础 204

6.3 主要技术方法及分析 214

6.4 比较序列分析方法 216

6.5 动态规划算法 219

6.6 组合优化算法 220

6.7 启发式算法 222

6.8 应用实例分析 225

6.9 本章小结 239

思考题 240

第7章 蛋白质结构预测方法 241

7.1 引言 241

7.2 蛋白质结构知识基础 242

7.3 主要技术方法及分析 244

7.4 蛋白质二级结构预测 248

7.5 蛋白质三级结构预测 255

7.6 应用实例分析 267

7.7 本章小结 281

思考题 281

第8章 生物分子网络构建方法 283

8.1 引言 283

8.2 生物分子网络知识基础 284

8.3 主要技术方法及分析 290

8.4 基因调控网络构建方法 291

8.5 蛋白质互作网络构建方法 300

8.6 应用实例分析 304

8.7 本章小结 318

思考题 318

参考文献 319