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目 录 1

第1章 大规模基因组测序策略与技术 胡松年 1

1.1大规模基因组测序的常用技术 1

1.2大规模测序的策略 4

1.3逐步克隆法测序策略 6

1.4全基因组霰弹法测序策略 14

1.5大规模基因组测序的现状与发展趋势 16

第2章生物信息数据库 叶琳 19

2.1文献检索 19

2.2核酸序列数据库检索 24

2.3基因组序列数据库检索 41

2.4氨基酸序列数据库 43

2.5蛋白质结构数据库PDB 43

2.6疾病相关基因数据库 44

第3章序列联配（BLAST、SIM4） 叶杰华董坚海 46

3.1 Blast 46

3.2 Sim4 58

第4章 多序列联配（Clustal W） 张兵 61

4.1 Clustal简介 61

4.2 目 的 61

4.3原理 62

4.4步骤 62

4.5结果及分析 69

第5章测序分析软件（Phred/Phrap/Consed） 王建斌 贾 佳 73

5.1 Phred碱基读取程序 73

5.2 Phrap序列组装程序 79

5.3 Consed图形化视图 82

6.1 EST通道化分析系统（EST Analysis Pipeline SystemTM） 90

第6章EST序列分析系统 许华勇 蔡琳 90

6.2用户登录 91

6.3主界面和界面说明 93

6.4模块功能列表 94

第7章蛋白质序列的功能注释、分类和代谢途径分析 谭 军 108

7.1蛋白质序列的功能注释 108

7.2蛋白质序列的功能分类 117

7.3蛋白质序列的代谢途径分析 123

7.4蛋白质序列综合注释示例 129

第8章ORF的搜寻及蛋白质结构预测 张忠华 134

8.1 ORF的搜寻 134

8.2蛋白质二级结构预测 137

8.3用Swiss-model进行蛋白质三维结构预测 140

8.4用PROSPECT进行蛋白质三维结构预测 142

第9章 华大基因研发中心网络资源 叶 琳 149

9.1 BTN简介 149

9.2 PASDB简介 150

9.3 RICE GD简介 158

9.4 UNIBLAST简介 164

9.5 HGP简介 167

9.6 TTEN简介 173

第10章 Bioperl简介 谭 军叶琳张忠华贾佳刘庆坡薛庆中 181

10.1 引 言 182

10.2 Bioperl 对象的简单介绍 187

10.3 Bioperl的使用 189

10.4 Bioperl辅助库（Bioperl-run,Bioperl-db等） 219

10.5 附 录 224