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1 Historical Introduction and Overview 1

2 Collecting and Storing Sequences in the Laborato 19

3 Alignment of Pairs of Sequences 51

4 Multiple Sequence Alignment 139

5 Prediction of RNA Secondary Structure 205

6 Phylogenetic Prediction 237

7 Database Searching for Similar Sequences 281

8 Gene Prediction 337

9 Protein Classification and Structure Prediction 381

10 Genome Analysis 479

Glossary 533

Index 547