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第1章DNA计算的概述 1

1.1引言 1

1.2 DNA计算模型 3

1.2.1基于非线性分子结构的计算模型 3

1.2.2 DNA进化算法 6

1.3基于DNA的布尔电路模拟 7

1.4基于DNA的大规模数据库 9

1.5在生物信息处理方面的应用 10

1.6编码问题的研究 11

1.7小结 12

第2章DNA计算中的编码问题 13

2.1引言 13

2.2编码问题及其影响因素 14

2.3编码方法 18

2.4编码的计数问题 20

2.5小结 20

第3章 线性编码方法 21

3.1引言 21

3.2 DNA计算的编码的约束条件 22

3.3编码的构造 24

3.4算法 30

3.5热力学性质 33

3.6小结 34

第4章 构造DNA计算的线性编码 35

4.1引言 35

4.2线性编码的模运算 36

4.3构造线性编码 38

4.4编码的存在性 43

4.5编码的存在性结果 46

4.6小结 48

第5章 DNA计算线性编码的计数方法 49

5.1引言 49

5.2 DNA计算线性编码的算法 50

5.2.1独立约束 50

5.2.2组合约束的搜索算法 54

5.3组合约束的计数 55

5.4小结 59

第6章 模板编码方法 61

6.1引言 61

6.2编码的搜索 64

6.3结果讨论 66

6.4模板集合的优化 69

6.4.1算法 69

6.4.2结果分析 70

6.5编码的稳定性 72

6.6小结 73

第7章 模板框 75

7.1引言 75

7.2模板框的概念 76

7.3算法与结果 78

7.3.1算法步骤 78

7.3.2双边词模板框 79

7.3.3单词标模板框 81

7.4模板框的应用 85

7.5小结 87

第8章 单模板编码方法 89

8.1引言 89

8.2单模板编码方法及其数学理论 90

8.3算法及结果 95

8.3.1模板框的算法 96

8.3.2计算结果 97

8.4应用 99

8.5小结 101

第9章 基于BP神经网络的DNA解链温度（Tm）的预测模型 103

9.1引言 103

9.2解链温度的定义及计算方法 104

9.2.1解链温度Tm 104

9.2.2邻近法模型 104

9.3神经网络模型 106

9.4结果分析 107

9.5小结 112

参考文献 113