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第一章 蛋白质-蛋白质相互作用的结构基础 1

第一节 蛋白质-蛋白质相互作用的特点 1

一、蛋白质作用界面的大小 1

二、蛋白质作用界面的形状 2

三、蛋白质作用界面的互补性 2

四、蛋白质作用界面的疏水性及氢键 2

五、蛋白质复合物的结合力 3

六、蛋白质复合物结合作用界面残基的倾向性 3

七、蛋白质区段及二级结构 3

八、蛋白质复合物在形成时的构象变化 3

第二节 结构域-结构域相互作用 3

一、蛋白质结构域 4

二、蛋白质结构域-结构域相互作用的普遍规律 5

第三节 蛋白质-蛋白质相互作用与信号转导 6

参考文献 6

第二章 化学交联技术及实验方案 8

第一节 实验原理 11

第二节 实验操作 13

一、材料 13

二、实验方法 14

参考文献 19

第三章 免疫共沉淀技术及实验方案 21

第一节 实验原理 21

一、免疫共沉淀 21

二、蛋白质印迹检测 22

第二节 实验方案 23

一、材料 23

二、方法 25

第三节 小结 32

第四节 免疫共沉淀的优缺点及展望 33

参考文献 34

第四章 融合蛋白亲和色谱法及实验方案 35

第一节 实验原理 36

一、亲和色谱 36

二、融合蛋白亲和色谱 36

第二节 实验操作 37

一、材料 37

二、方法 38

参考文献 39

第五章 噬菌体展示技术及实验方案 41

第一节 实验原理 41

第二节 实验方案 43

一、材料 43

二、方法 44

参考文献 48

第六章 细菌双杂交技术及实验方案 49

第一节 实验原理 49

一、利用转录抑制因子构建的细菌双杂交系统 49

二、依赖于信号通路重建的细菌双杂交系统 50

三、通过募集RNA聚合酶而实现转录激活的细菌双杂交系统 51

第二节 实验操作 52

一、材料 52

二、方法 55

参考文献 61

第七章 酵母双杂交技术及实验方案 63

第一节 实验原理 63

第二节 实验方案 64

一、实验材料 64

二、实验方法 66

三、注意事项 73

四、酵母双杂交过程中常遇到的一些问题及相应的解决方案 73

参考文献 75

第八章 哺乳动物双杂交技术及实验方案 76

第一节 实验原理 76

第二节 实验方案 78

一、检测两个目的蛋白质之间的相互作用 78

二、高通量检测蛋白质与蛋白质之间的相互作用 84

参考文献 87

第九章 双向电泳技术及实验方案 89

第一节 实验原理 89

一、等电聚焦 89

二、SDS-PAGE 90

第二节 实验方案 90

一、材料 90

二、方法 93

参考文献 103

第十章 BN-PAGE技术及实验方案 105

第一节 实验原理 105

第二节 实验方案 106

一、材料 106

二、方法 110

参考文献 116

第十一章 Far Western技术及实验方案 118

第一节 实验原理 118

第二节 实验操作 119

一、方案Ⅰ：蛋白混合物的Far Western blot分析（放射自显影法） 119

二、方案Ⅱ：利用Far Western blot来识别相互作用的蛋白（抗体孵育法） 123

三、方案Ⅲ：在Far Western blot中用肽鉴别特异的相互作用序列 125

参考文献 126

第十二章 荧光凝胶阻滞及实验方案 127

第一节 实验原理 127

第二节 实验方案 127

一、材料 128

二、方法 129

参考文献 131

第十三章 荧光共振能量转移技术及实验方案 132

第一节 FRET的理论基础 132

一、FRET的发生原理 132

二、FRET实验方法 132

三、FRET探针 133

四、FRET的测试方法 135

第二节 实验方案 137

一、材料 137

二、方法 139

参考文献 145

第十四章 核磁共振技术及实验方案 147

第一节 实验原理 147

第二节 实验操作 149

一、材料 149

二、方法 149

参考文献 151

第十五章 圆二色光谱技术及实验方案 152

第一节 实验原理 152

一、圆二色性及仪器测量原理 152

二、蛋白质CD产生原理 154

三、蛋白质CD测定及数据分析 155

第二节 实验操作 161

一、蛋白结构变化分析 161

二、等温滴加法测定蛋白质-蛋白质结合平衡常数 164

参考文献 166

第十六章 计算机预测蛋白质-蛋白质相互作用 168

第一节 实验原理 168

第二节 实验操作 169

一、对公共数据库中的蛋白质进行模序搜索 169

二、用户输入蛋白质序列进行模序搜索 172

三、使用Scansite模序检索数据库 173

四、使用自定义模序检索数据库 175

五、使用快速矩阵方法检索数据库 178

参考文献 179

第十七章 利用互联网资源来研究蛋白质-蛋白质相互作用 180

一、蛋白质序列信息 180

二、数据库查询 181

三、结构域检索及相互作用预测 182

四、实验过程中用到的网络资源 183

五、综合性网络资源 183

参考文献 183