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目 录 1

序 1

第1章基因组学 1

1.1遗传物质DNA 2

1.2结构基因组 6

1.2.1 基因组DNA测序的意义 7

1.2.2基因密度和未知基因 14

1.2.3典型基因组分析 16

1.3功能基因组 23

1.3.1 SAGE技术 24

1.3.2 DNA芯片和微阵技术 25

1.4比较基因组 26

1.4.1微生物基因组的比较 27

1.4.2单细胞和多细胞生物基因组比较 31

1.4.3直向同源物集簇 32

参考文献 33

第2章遗传图谱 37

2.1.1基本概念 38

2.1遗传图谱的构建 38

2.1.2 DNA分子标记 39

2.1.3构建遗传图谱的方法 43

2.1.4水稻基因组遗传图谱 46

2.2禾谷类基因组研究的模式植物 48

2.2.1公共标记 48

2.2.2水稻染色体连续区段的保守性 49

2.2.3模式植物的确定 51

2.3水稻遗传图谱的育种应用 51

2.3.1亚洲栽培稻的遗传变异性 52

2.3.2基因定位和标记辅助选择 57

2.3.3水稻产量性状遗传机理和标记辅助高产育种 64

参考文献 77

第3章遗传图谱与育种 79

3.1应用分子标记研究水稻种质资源遗传多样性 80

3.1.1遗传多样性的度量和分解 81

3.1.2水稻种质遗传多样性的特点 82

3.2光敏不育性的遗传和基因定位 88

3.2.1光敏不育性的遗传 88

3.2.2光敏不育基因的定位 89

3.3.1 籼粳品种间的遗传分化与杂种不育的关系 93

3.3籼粳杂种不育性和广亲和性的遗传基础 93

3.3.2广亲和性的遗传分析和基因定位 95

3.3.3杂种低温敏不育基因的定位 101

3.4杂种优势的遗传和分子基础 103

3.4.1杂合性和杂种优势的预测 104

3.4.2杂种优势遗传基础的QTL分析 107

3.4.3上位性组分在杂种优势遗传基础中的重要性 108

3.4.4基因表达与杂种优势的关系 110

3.4.5分子育种 112

参考文献 113

第4章水稻基因组物理图的构建 117

4.1指纹锚标法原理 118

4.1.1水稻基因组计划 118

4.1.2水稻基因组物理图 119

4.1.3 BAC－指纹－锚标战略 121

4.2指纹计算法 128

4.2.1 Sanger中心软件包 128

4.2.2指纹图形的输入、编辑和数字化 129

4.2.3指纹数据的分析和匹配 133

4.2.4重叠群的形成 134

4.3.1分子标记 135

4.3获取基因和大规模测序 135

4.3.2测序战略 138

4.4构建物理图的实验程序 141

4.4.1 BAC DNA的小量制备 142

4.4.2指纹图谱的制作 143

4.4.3重叠群在染色体上的定位 146

参考文献 149

第5章基因组测序 151

5.1.1全基因组随机测序战略 152

5.1基因组DNA测序战略 152

5.1.2以物理图为依据的测序战略 154

5.1.3随机定向战略 157

5.1.4随机定向测序 163

5.2 DNA操作 170

5.2.1测序用DNA的制备 170

5.2.2 PCR、测序、电泳、标记和杂交 178

5.2.3实验配方 187

参考文献 191

附录专业名词简释 193