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第1章 Linux操作系统基础知识 1

1.1 Linux操作系统简介 2

1.2 Linux操作系统结构 4

1.3 Windows系统与Linux系统通信方法 5

1.4 Linux系统常用命令 14

1.5 文本编辑软件Vim 35

1.6 Bash脚本编写 38

1.7 作业管理系统 41

小结 43

练习题 43

参考文献 44

第2章 药物分子结构基础 45

2.1 引言 46

2.2 二维分子结构图 46

2.3 分子图论与SMILES格式 50

2.4 分子连接表与三维结构文件格式 57

2.5 三维分子模型 64

2.6 文件格式转换工具 68

2.7 分子力学和分子力场 70

2.8 量子化学计算 75

小结 87

练习题 87

进阶阅读材料 88

参考文献 90

第3章 药物作用靶标结构基础 91

3.1 引言 92

3.2 蛋白质结构测定手段 92

3.3 PDB文件结构 93

3.4 PyMOL软件 105

3.5 同源建模 113

3.6 补充缺失的重原子 119

3.7 质子化状态和氢原子坐标 122

3.8 蛋白质与蛋白质分子对接 135

小结 142

练习题 142

参考文献 142

第4章 分子对接 145

4.1 引言 146

4.2 分子对接软件AutoDock和对接流程 148

4.3 AutoDock分子对接示例 151

4.5 AutoDock Vina分子对接过程 169

4.6 PyMOL中AutoDock插件分子对接过程 175

4.7 基于分子对接的虚拟筛选 185

小结 195

练习题 195

参考文献 196

第5章 分子动力学模拟 197

5.1 引言 198

5.2 基本概念与原理 198

5.3 AMBER分子动力学模拟流程 200

5.4 泛素蛋白分子动力学模拟 201

5.5 Sirtuin 3结合抑制剂复合物动力学模拟 219

5.6 DNA片段结合小分子复合物动力学模拟 225

5.7 Gromacs分子动力学模拟流程 233

小结 262

练习题 262

参考文献 263

第6章 基于配体的药物设计 265

6.1 引言 266

6.2 基本概念 271

6.3 分子指纹 275

6.4 分子相似性 282

6.5 基于相似性和子结构的数据库检索 284

6.6 OpenBabel应用于分子相似性检索 297

6.7 朴素贝叶斯分类模型 302

小结 311

练习题 312

参考文献 312

索引 321