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第一章 分子识别的理化基础 1

第二章 分子识别为基础的计算机辅助药物设计 16

第一节 计算机辅助药物设计 16

第二节 基于分子识别对蛋白质结构预测 25

第三章 DNA作为药物靶标的分子识别基础 30

第一节 DNA分子的高级结构特征 31

第二节 小分子药物与DNA不同作用方式中的分子识别 33

第四章 RNA的分子识别与反义技术 52

第一节 RNA分子结构与功能概述 52

第二节 反义核酸与反基因策略中的分子识别 56

第三节 反义技术应用中的分子识别 58

第五章 三链核酸的分子结构及其反基因策略中的分子识别 66

第一节 三螺旋DNA的分子结构特征 66

第二节 三螺旋DNA的稳定性研究 69

第三节 三链DNA的功能及应用 72

第六章 G-四链体核酸的结构及功能的分子机制 79

第一节 G-四链体DNA的结构 79

第二节 G-四链体的生物学功能 85

第三节 G-四链体在药物研究中的分子识别 90

第七章 小分子干扰RNA生物效应中的分子识别 102

第一节 RNA干扰的机制 102

第二节 RNAi在抗肿瘤抗病毒应用中的分子识别 107

第八章 酶学研究中两个重要进展和分子识别 112

第一节 核酶 112

第二节 抗体酶 115

第九章 以蛋白酶为靶的合理药物设计中的分子识别 119

第一节 概述 119

第二节 丝氨酸蛋白酶抑制剂设计中的分子识别 122

第三节 病毒3C蛋白酶抑制剂的设计中的分子识别 125

第四节 B-内酰胺水解酶抑制剂设计中的分子识别 127

第五节 腺苷高半胱氨酸水解酶抑制剂中的分子识别 128

第六节 HIV相关酶抑制剂设计中的分子识别 130

第十章 以受体为靶的药物设计中的分子识别 136

第一节 受体的基本概念 137

第二节 以受体为靶的药物分子设计 139

第十一章 核酸与蛋白质的相互作用中的分子识别 148

第一节 核酸与蛋白质相互作用的分子基础 148

第二节 能与蛋白质结合的DNA结构域模式 149

第三节 蛋白质与RNA相互作用中的分子识别 153

第四节 蛋白质与核酸的非特异性与特异性相互作用 155

第五节 第五节 以核酸和蛋白质相互作用为基础HIV-1 Tat-TAR结合抑制剂设计中的分子识别 158

第十二章 分子识别的研究方法 169

第一节 DNA与小分子作用方式的分子机制研究方法 170

第二节 测定小分子与DNA结合强度的光谱滴定方法 174

第三节 小分子药物与DNA作用的特异性研究 177

第四节 研究蛋白质-核酸相互作用的技术 181