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结论 1

一、蛋白质组学的概念及其发展史 1

二、蛋白质组学技术方法概述 3

三、蛋白质组学在肿瘤研究中的应用 4

第一章 蛋白质样品制备技术 8

第一节 蛋白质制备常用技术 8

一、离液剂、还原剂及表面活性剂的选择 8

二、细胞破碎处理 9

三、组织细胞蛋白质样品的制备 10

四、细胞蛋白质样品的制备 12

五、体液蛋白质样品的制备 15

第二节 肿瘤样品蛋白质的抽提 16

一、肿瘤样品总蛋白质的抽提 16

二、肿瘤样品蛋白质的分级抽提 19

三、注意事项 20

第二章 蛋白质组双向凝胶电泳分离技术 24

第一节 双向聚丙烯酰胺凝胶电泳技术的发展 24

一、固相PH梯度等电聚焦双向电泳（IPG-2DE）技术 24

二、其他类型的2-D电泳技术 25

三、亚蛋白质组阵列重叠群技术 25

第二节 实验操作方法 25

一、蛋白质组双向凝胶电泳分析的原理 25

二、传统IEF方法（ISO-DALT电泳） 27

三、固相PH梯度-SDS双向凝胶电泳（IPG-DALT）方法 29

第三章 双向凝胶电泳图像分析与数据库的构建 37

第一节 双向凝胶电泳数字化图像的获取 37

一、用CCD成像仪获取双向电泳凝胶图像 38

二、用扫描仪获取双向电泳凝胶图像 38

第二节 双向凝胶电泳图像分析 38

一、2-D图像分析软件PDQUEST简介 39

二、2-D图像分析软件ImageMaster简介 43

第三节 2-D数据库的构建 46

一、用Make2ddb构建2-D数据库 47

二、用数据库软件构建2-D数据库 48

第四章 蛋白质鉴定技术 49

第一节 概述 49

一、质谱技术 49

二、其他蛋白质鉴定技术 51

三、蛋白质组分析鉴定的高通量化 52

第二节 基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术 53

一、基质辅助激光解吸电离技术（MALDI） 54

二、飞行时间质谱（TOF-MS） 55

三、MALDI-TDF质谱测定肽质量指纹图（PMF） 57

四、MALDI-TOF质谱仪采用源后衰变（PSD）测定多肽序列 62

五、MALDI-TOF质谱技术用于蛋白质C-端序列分析 64

第三节 电喷雾质谱技术 67

一、电喷雾电离质谱的原理和特点 67

二、电喷雾质谱法测定蛋白质和多肽分子质量 69

三、电喷雾串联质谱法分析多肽和蛋白质的一级结构 71

四、电喷雾串联质谱法分析化学修饰多肽和蛋白质 76

五、液相色谱-电喷雾质谱法鉴定2-D胶蛋白质 77

第四节 微量蛋白质氨基酸组成分析 84

一、概述 84

二、Fmoc-CI柱前衍生及氨基酸组成分析 85

第五节 蛋白质与多肽化学法N-端氨基酸序列测定 92

一、Edman降解的化学原理 93

二、Edman降解过程中的起始收率和重复收率 96

三、PTH-氨基酸的高效液相色谱鉴定 97

四、蛋白质序列分析仪 101

五、Edman降解序列测定中要注意的问题 103

六、双向电泳凝胶上蛋白质点的序列测定 105

第五章 定量蛋白质组学研究方法 110

第一节 同位素亲和标签方法 110

一、ICAT方法的原理 110

二、蛋白质样品用ICAT试剂标记实验过程 111

三、ICAT标记多肽用LC-MS/MS分析过程 112

四、注意事项 112

第二节 荧光差异显示双向凝胶电泳（F-2D-DIGE）方法 113

一、荧光差示双向电泳的实验原理 113

二、F-2D-DIGE实验过程举例 114

三、注意事项及存在的问题 115

第六章 蛋白质与蛋白质相互作用的研究技术 117

第一节 酵母双杂交系统 117

一、概述 117

二、基本原理 117

三、方法 119

第二节 丝状噬菌体表面显示技术 124

一、丝状噬菌体的基本生物学特征 124

二、噬菌体表面显示的原理 125

三、噬菌体随机多肽文库 126

第三节 蛋白质芯片技术 131

一、蛋白质芯片种类 131

二、蛋白质芯片探针的制备 132

三、蛋白质芯片的检测 133

四、蛋白质芯片技术的应用 133

第七章 生物信息学与蛋白质组信息学 136

第一节 生物信息学概述 136

一、生物信息学的定义 136

二、生物信息学的诞生 136

三、生物信息学的工作方式 137

第二节 蛋白质组信息学概述 137

一、蛋白质组信息学的兴起 137

二、蛋白质组信息学的研究内容 138

三、蛋白质组生物信息学展望 138

第八章 蛋白质组研究常用的生物信息资源 140

第一节 蛋白质组研究信息资源概述 140

一、生物信息中心与数据库 140

二、蛋白质芯片与蛋白质组学公司网址 145

第二节 蛋白质专家分析系统 145

一、SWISS-PROT的数据库格式 146

二、Prosite数据库 150

三、SWISS-2DPAGE数据库 152

四、三维结构数据库 154

五、ExPASy中的链接 154

第九章 生物信息学软件在蛋白质组研究中的运用 158

第一节 常用的蛋白质组生物信息学软件 158

一、双向凝胶电泳 分析软件 158

二、质谱结果的数据库查询 159

三、其他工具软件 160

第二节 蛋白质结构分析软件使用简介 163

一、蛋白质分析工具软件 164

二、蛋白质二级结构与三级结构分析 165

第十章 实体肿瘤的蛋白质组学研究 168

第一节 肿瘤蛋白质组学的研究策略和方法 168

一、肿瘤蛋白质组学的研究策略 168

二、肿瘤蛋白质组学的研究方法 170

第二节 实体肿瘤蛋白质组学研究的现状 171

一、鼻咽癌 171

二、肺癌 171

三、乳腺癌 174

四、肝癌 174

五、结肠癌 175

六、肾癌 175

七、膀胱癌 176

八、前列腺癌 176

九、其他肿瘤 177

第十一章 血细胞和血液系统肿瘤的蛋白质组学 180

第一节 血细胞的蛋白质组学 180

一、人淋巴细胞蛋白质组数据库 180

二、人血小板胞浆蛋白质组学 181

第二节 部分血液系统疾病的蛋白质组学 187

一、Burkitt淋巴瘤的蛋白质组研究 187

二、2-DE技术揭示急性白血病与癌性蛋白18磷酸化高度相关 189

三、维甲酸诱导急性早幼粒细胞白血病细胞凋亡始动时相的蛋白质组学分析 189