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第1章 引论 1

1.1基因组／蛋白质组信息学 2

基因组信息学 2

蛋白质组信息学 4

1.2互联网与生物信息学 4

互联网基础 5

生物信息学数据库 16

生物信息学软件 29

1.3生物信息学门户网站 30

美国国立生物技术信息中心 31

欧洲生物信息研究所 32

瑞士蛋白质分析专家系统 35

北京大学生物信息中心 37

第2章 序列查询和递交 39

2.1 Entrez查询系统 40

简介 40

Entrez系统的基本查询功能 42

查询策略 46

2.2 LocusLink查询系统 58

2.3 SRS查询系统 63

2.4序列信息递交 70

第3章 序列相似性搜索 81

3.1概述 81

序列相似性与同源性 82

全局和局部序列比对 82

比对分数矩阵和空位罚分 83

比对算法 88

比对分数的统计学评价 90

3.2序列相似性搜索 91

BLAST 93

Fasta 112

第4章 基因识别 121

4.1基因组外显子预测 121

从头预测 122

相似性比较预测 131

4.2基于EST的基因鉴定 143

第5章 多序列比对 155

5.1 ClustalW 156

5.2 BOXSHADE 166

第6章 蛋白质基序和结构域识别 170

6.1 PROSITE patterns和PROSITE profile 172

6.2 Pfam和Prodom 178

6.3 SMART 183

6.4 Blocks和PRINTS 185

6.5 InterPro 190

第7章 进化树构建 194

7.1 PHYLIP软件包 196

7.2 ClustalW程序 202

第8章 蛋白三维同源模型构建 205

第9章 基因数字化差异表达分析 212

第10章 核苷酸序列的一般分析 224

10.1序列格式转换 224

10.2互补和反向序列的转换 227

10.3核苷酸序列统计 228

10.4序列注释 229

10.5序列翻译与ORF预测 232

EBI的Transeq 232

ExPASy的Translate tool 234

ORF识别 234

10.6限制性酶切分析 240

10.7质粒作图 245

10.8引物设计 249

通用引物在线设计程序Primer3 251

简并引物在线设计程序GeneFisher 254

第11章 蛋白序列的其他特征分析 262

11.1氨基酸基本理化特性分析 263

11.2蛋白的亚细胞定位 265

11.3膜蛋白跨膜区预测 270

11.4蛋白序列二级结构预测 274

JPred预测服务器 277

PredictProtein预测服务器 280

第12章 整合的序列分析 288

12.1 EMBOSS系统 289

12.2 Biology WorkBench 293

12.3 BCM Search Launcher 297

12.4 SeWeR 303

12.5 JaMBW 307

12.6 SMS 308

第13章 蛋白质组信息学 310

13.1蛋白质组与蛋白质组学 310

13.2蛋白质组研究的理论和实践 311

13.3蛋白质组学与蛋白质组信息学 314

13.4蛋白质组分析的内容和方法 316

13.5蛋白质组信息学相关资源 322

13.6我国蛋白质组研究进展 324