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第1章 绪论 1

1.1 问题的提出 2

1.2 分子生物学技术在湖泊细菌群落结构组成研究中的应用 3

1.2.1 克隆文库分析法（clone library profiling） 4

1.2.2 遗传指纹图谱技术（genetic fingerprinting） 4

1.2.3 分子杂交技术（molecular hybridization techniques） 6

1.3 研究思路、技术路线和章节安排 6

1.3.1 研究思路 6

1.3.2 研究技术路线 7

1.3.3 章节安排 7

第2章 梅梁湾蓝藻水华暴发过程中浮游细菌群落结构多样性的研究 9

2.1 蓝藻水华的暴发对细菌群落结构组成存在潜在影响 9

2.2 研究方法 10

2.2.1 样品的采集和预处理 10

2.2.2 样品的处理 11

2.2.3 细菌基因组DNA的提取 11

2.2.4 细菌群落结构的T-RFLP分析 12

2.3 研究结果 14

2.3.1 理化指标的季节变化 14

2.3.2 浮游藻类群落结构组成的季节性变化 18

2.3.3 T-RFLP分析浮游细菌群落结构的变化 19

2.3.4 多元统计分析 21

2.4 讨论 24

2.4.1 梅梁湾浮游藻类群落组成的时空差异及其原因 24

2.4.2 梅梁湾浮游细菌群落组成的时空差异及其原因 25

2.5 小结 26

第3章 微囊藻水华堆积、分解过程中湖泊细菌群落结构多样性的实验研究 27

3.1 相关研究进展 27

3.2 研究方法 28

3.2.1 实验设计 28

3.2.2 样品的采集和预处理 28

3.2.3 理化指标的测定 29

3.2.4 细菌计数 29

3.2.5 细菌基因组DNA的提取 30

3.2.6 细菌群落结构的T-RFLP分析 30

3.2.7 克隆建库、测序、系统进化分析、确定T-RFs所属细菌菌群 30

3.2.8 统计分析 32

3.3 研究结果 32

3.3.1 理化指标的变化 32

3.3.2 细菌数量的变化 34

3.3.3 T-RFLP分析浮游细菌群落结构的变化 34

3.3.4 T-RFLP分析附着细菌群落结构的变化 36

3.3.5 系统发育分析、确定T-RFs所属细菌菌群 37

3.3.6 细菌群落结构变化与环境因子间的相关分析 47

3.4 讨论 49

3.4.1 水华微囊藻分解过程中细菌数目和群落结构组成的变化 49

3.4.2 水华微囊藻分解过程中放线菌成为优势种群 50

3.4.3 水华微囊藻堆积、分解过程中军团菌大量出现 51

3.5 小结 51

第4章 微囊藻水华干扰后浮游细菌群落结构的恢复性研究 52

4.1 微囊藻水华干扰后浮游细菌群落结构的恢复性研究的重要性 52

4.2 研究方法 53

4.2.1 实验设计 53

4.2.2 样品的采集和预处理 53

4.2.3 样品的处理 54

4.2.4 浮游细菌基因组DNA的提取 55

4.2.5 浮游细菌群落结构PCR-DGGE分析 55

4.2.6 克隆文库的构建、构建系统进化树 56

4.2.7 统计分析 56

4.3 研究结果 57

4.3.1 各围隔中理化环境因子的变化 57

4.3.2 PCR-DGGE分析的浮游细菌群落结构变化 59

4.3.3 16S rDNA克隆文库分析的浮游细菌群落结构变化 61

4.3.4 浮游细菌群落与环境因子的相关分析 67

4.4 讨论 68

4.4.1 高存量蓝藻水华堆积、分解、消退过程中水体理化环境因子的变化 69

4.4.2 高存量蓝藻水华堆积、分解过程中浮游细菌群落结构的变化 69

4.4.3 高存量蓝藻水华消退后浮游细菌群落结构的恢复性分析 70

4.5 小结 71

第5章 藻源性湖泛发生过程中细菌群落结构组成研究 72

5.1 引言 72

5.2 研究方法 73

5.2.1 样点设置和样品采集 73

5.2.2 细菌基因组DNA的提取 74

5.2.3 细菌群落结构的T-RFLP分析 74

5.2.4 克隆文库的构建 74

5.2.5 阳性克隆的筛选、测序 75

5.2.6 序列分析、构建进化树、确定T-RFs所属细菌菌群 75

5.2.7 统计分析 75

5.3 研究结果 76

5.3.1 藻源性湖泛发生过程中水体理化因子变化 76

5.3.2 藻源性湖泛发生过程中细菌群落多样性指数的变化 78

5.3.3 T-RFLP分析浮游细菌群落结构的变化 79

5.3.4 T-RFLP分析附着细菌群落结构的变化 82

5.3.5 系统发育分析、确定T-RFs所属细菌菌群 83

5.4 讨论 92

5.4.1 太湖藻源性湖泛发生过程中水体理化环境因子的变化 92

5.4.2 太湖藻源性湖泛发生过程中水体细菌群落结构组成 93

5.4.3 太湖藻源性湖泛发生过程中水体细菌群落结构的空间异质性 94

5.5 小结 94

参考文献 96